В 1959 г. на берегу оз. Байкал начинается строительство завода, который будет обеспечивать оборонную промышленность страны высококачественной целлюлозой. В 1961 г. началось целенаправленное возведение Байкальска — статус города он получит в 1966 г. одновременно с вводом в эксплуатацию Байкальского целлюлозного завода (с 1976 г. — «Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат»).

С момента основания города численность населения активно росла за счет притока специалистов и рабочих из других регионов страны, а также в силу высокой рождаемости. С 1975 г. в Байкальске начинается строительство нового микрорайона (сегодня — мкр. Гагарина) по проекту главного архитектора Иркутскгражданпроекта Владимира Павлова, яркого приверженца необрутализма.

К началу 1990-х гг. численность населения города достигает пика и стабилизируется на отметке чуть выше 17 тыс. человек. С середины 1990-х гг. Байкальский ЦБК перестает работать на оборонную промышленность, а его продукция почти полностью продается за рубеж. В 1991 г. основан Байкальский горнолыжный курорт «Гора Соболиная» — как структурное подразделение ОАО БЦБК.

В 2000 г. и. о. президента Владимир Путин поручил разработать программу перепрофилирования Байкальского ЦБК. Через год Минприроды утвердило план введения замкнутого водопользования, который не был реализован. В течение следующих 5 лет население города сокращается из-за неопределенности в судьбе предприятия. В 2007 г. в Байкальске создается особая экономическая зона «Ворота Байкала», где планируется строительство отелей, курортов, производств экологически чистых продуктов.

В 2008 г. по требованию Росприроднадзора комбинат перешел на выпуск небеленой целлюлозы с использованием технологии замкнутого водооборота, которая полностью исключала выброс даже очищенных стоков в озеро. Это сделало производство нерентабельным. В ноябре работа предприятия была приостановлена. На момент приостановки производства на БЦБК трудились около 2,3 тыс. человек — 43% занятого населения города. В 2009 г. на БЦБК началась процедура банкротства.

В 2010 г. производство целлюлозы было исключено из перечня видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории (ЦЭЗ БПТ), что позволило возобновить работу БЦБК. Однако длительный период простоя привел к увеличению кредиторской задолженности до 1,78 млрд руб. В 2012 г. на БЦБК введена процедура конкурсного производства. ВЭБ.РФ становится основным кредитором ОАО «БЦБК».

27 февраля 2013 г. Правительство России приняло решение о постепенном закрытии Байкальского целлюлозно-бумажного комбината (БЦБК) с переносом производства на другие предприятия. По оценке «ВЭБ Инжиниринг», остановка производства потребует не менее 2-х лет, а ликвидация более 6,5 млн тонн накопленных отходов БЦБК, содержащихся в картах-накопителях и отстойниках, — от 4 до 6 лет.

В 2019 г. по поручению Президента (Пр-1818 от 12.09.2019) госкорпорация развития ВЭБ.РФ наделена полномочиями по подготовке и реализации проекта комплексного развития Байкальска. Годом ранее Иркутская область объявила о создании на площадке бывшего комбината индустриального парка «Байкальский чистый продукт» для реализации инвестиционных проектов по розливу воды, производству напитков, выращиванию овощей, переработке дикоросов.

ООО «БАЙКАЛ.ЦЕНТР», дочерняя компания ВЭБ.РФ, приступает к разработке мастер-плана комплексного развития Байкальска, призванного определить основные направления развития и варианты размещения новых объектов общественно-деловой, социальной инфраструктуры, производства, планы по развитию туризма. Обозначены варианты развития территории промплощадки БЦБК, очистку и рекультивацию которой планируется завершить к 2025 г.